A estrutura de governança da FUSP é definida pelo Estatuto. Pelos quatro anos de seu mandato, o presidente do Conselho Curador da FUSP é o Reitor da Universidade. Esta regra foi estabelecida pelos instituidores, assim como sua composição. Dos oito membros, cinco são escolhidos pelo reitor, três obrigatoriamente entre docentes da USP e dos três outros membros indicados pelo Conselho Universitário, dois devem necessariamente ter assento nele. O Conselho supervisiona todas as atividades da FUSP, nomeia seu Conselho Fiscal e escolhe a Diretoria Executiva, composta do diretor executivo, de um diretor adjunto e do diretor financeiro. A diretoria é responsável pelo dia a dia da FUSP e presta contas ao Conselho Curador. Conselho CuradorConselho FiscalDiretoria Executiva
